El jacinto de agua o camalote desde 2005 prolifera en el Guadiana y ha afectado a 75 kilómetros del río. La Confederación Hidrográfica del Guadiana afirma que ha gastado en el último año 7,5 millones de euros para retirar 200.000 toneladas de camalote. La confederación explica que desde septiembre de 2005 ha empleado a 500 personas para instalar 5.000 metros de barreras flotantes y ha movilizado 16 embarcaciones, un catamarán, un camión-pulpo y una grúa para luchar contra la plaga. La planta cubre la superficie del río y, especialmente con altas temperaturas, impide la oxigenación y la entrada de luz y produce mortandades de peces. Aunque los herbicidas funcionan, no se puede atacar directamente porque el impacto sobre el Guadiana sería mucho peor.
La almeja asiática obstruye las tuberías y daña las centrales hidroeléctricas.
El mejillón cebra, un pequeño molusco procedente del Caspio y el Aral, crece a tal velocidad que tapiza todo y bloquea cauces y tuberías. Será imposible de erradicar y colonizará los ríos de toda la Península.
Otras especies dañinas son el cangrejo rojo, el galápago de Florida, ...
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